Wie Du schon sagst, am besten AGR und Swirlklappen raus programmieren lassen, auf Krümmer und Krümmerbolzen achten. Der Zahnriemenwechsel beim 2.4er ist jetzt auch kein Hexenwerk.
An der Karosserie sind der Achsträger vorne, die Versteifungsstreben inkl. der Verschraubungen hinten, die hinteren Achsträger und Querlenker sowie die Querlenkeraufnahmen rostgefährdet, bei reinen Sommerautos sollte das aber auch nach 15 Jahren noch im Rahmen bleiben.
Für's Verdeck gibt's jede Menge hilfreicher Tipps im Forum und der Facebookgruppe. Die Gasdruckfedern im Verdeckmechanismus lassen mit den Jahren nach und müssen dann gewechselt werden, Anleitung dazu gibt's hier im Forum. Hydrauliköl kann man schon mal wechseln, mit etwas Geduld.
Probleme macht das Verdeck eigentlich nur wenn daran rumgepfuscht wurde. Im Zweifel kann man eine ordentliche Revision des Verdecks durch Sebastiano Cacciola (dem 939 Spider Zauberer) mit einem Kurzaufenthalt in Mailand verbinden. Am besten das Budget dafür schon beim Kauf einplanen.
Reserveradmulde und Verdeckkasten sollte man auf Feuchtigkeit prüfen um zu sehen ob das Verdeck dicht ist. Die Rückleuchten sind i.d.R. immer feucht von innen. Den Kabelbaum zur Kofferraumklappe sollte man prüfen, da brechen die Kabel gerne mal. (einfach die Gummitülle mal weg schieben und die Kabel überprüfen).
Das Facelift ab 2008 ist die bessere Wahl, erkennbar an den einfarbigen Sitzen (nicht mit Streifen abgesetzt) und der Klimasteuerung ohne die Monotaste.