Das klingt nach Elektronischem Problem nach meinem Dafürhalten. Wenn du, wie mein Vorsprecher schon gesagt hat, ein Multimeter zur hand hast, würde ich mal anfangen die Relais und Terminals für die großen Lüfter durchzumessen. WaPu kaputt kann natürlich sein, klingt er komisch? Schleifen, rattern, jaulen, quietschen? Verlierst du Kühlmittel?
Heiß werden kann auch durchaus ein Zeichen von verstopften Kühlerlamellen sein, aber dann würde der große Kreislauf aktiv zugeschaltet werden und dauerhaft laufen. Schnapp dir mal ein Multimeter und schau mal nach, ob alle Relais funktionieren, Lüfterwiderstand spuckt mir eine kurze Googlesuche aber als warscheinlichste Ursache aus 
Lieber "Pastor", Mit "Elektronik" hat das Problem üüüberhaupt nix zu tun, da hier kein Steuergerät beteiligt ist.
Miguel: So wie ich Deine Fehlerbeschreibung in Post#1 verstehe, hattest Du ja ZWEI Probleme:
a) die 2 Kühler-Lüfter schalteten sich zuerst NUR auf Stufe 2 ein (das ist höher als 97°), dann aber überhaupt nicht mehr,
b) die Klimaanlage kühlte nicht mehr (was aber durch Neubefüllung wohl behoben werden konnte).
Zum Problem a):
Der Spider 3.0 V12 1. Serie (also von '94 bis '97) hat zur Steuerung der 2 elektrischen Kühlerlüfter einen Doppel-Thermoschalter DIREKT im Kühler eingebaut. Den kann man von oben auch sehen und leicht identifizieren, da er (wenn noch original) ein blaues Kunststoffgehäuse hinten dran hat, in den der Stecker des Kabels eingeschoben ist (s. Bild 1 und Bild 2).
Der Thermoschalter hat 2 (!) Schaltkontakte eingebaut, über die die beiden Relais für die Lüfter gesteuert werden (Stufe 1 und Stufe 2).
D.h. obwohl der Thermoschalter die Lüftermotoren nicht direkt ein-/ausschaltet, altert er aber trotzdem und gibt irgendwann den Geist eben endgültig auf.
Den Thermoschalter bekommst Du hier.
P.S.: an den 2 Vorwiderständen kann der totale Ausfall der Lüfter NICHT liegen, weil die NUR für die Stufe 1 ( 92° einschalten, 87° ausschalten) benutzt werden, nicht aber für die Stufe 2 (97° ein, 92° aus)
P.P.S.: und schönen Gruß an Fa. Klein in Hassloch: Wenn die sowas nicht lokalisieren können, sollten sie keine Alfas älter 10 Jahre für Reparaturen annehmen
Habe übrigens vor kurzem (in diesem Forum) gelesen, der bisherige Cheffe der Fa. Klein (Udo Klein) ist Ende letzten Jahres verstorben. Aktuell sind da zwei Nachfolger als Geschäftsführung im Impressum eingetragen. Kann also durchaus sein, dass da auch der eine oder andere "altgediente" Mechaniker nicht mehr dort arbeitet. Und insofern wäre die stümperhafte Ahnungslosigkeit bei der Fehlersuche wieder erklärbar (leider !!!)
).
